Ellen Margrethe Løj blev straks efter sin som cand. polit. eksamen i januar 1973 ansat i Udenrigsministeriet og startede en fornem karriere først et par år som ambassadesekretær i FN-missionen New York, dernæst Ambassaderåd EU-repræsentationen Bruxelles, Ambassadør i Israel, Chef for Udenrigsministeriets Sydgruppe og FN-ambassadør New York inkl Danmarks repræsentant i FN's Sikkerhedsråd. Ambassadør i Tjekkiet, FN’s Generalsekretærs særlige repræsentant  i Liberia og FN’s Generalsekretærs særlige repræsentant i Syd Sudan 2014-16.